W miejscach współwystępowania gatunków objętych ochroną i ludzi nieuchronnie pojawia się zagadnienie interesów ludzi wchodzących w konflikt z potrzebami zwierząt i chroniącymi je przepisami. Często zdarza się, iż ochrona przyrody, zamiast bycia częścią procesu planowania inwestycji, pojawia się dopiero na etapie realizacji przedsięwzięcia, np. w wyniku interwencji obywatelskiej, i z tego tytułu jest postrzegana jako problem. Osiągnięcie kompromisu jest możliwe, jednak podstawą stworzenia skutecznych rozwiązań jest dobra diagnoza stanu faktycznego. Możliwość taką stwarza sporządzenie opinii ornitologicznej, ekspertyzy ornitologicznej. W poruszanej kwestii ochrony siedlisk zwierząt w miastach, zadaniem eksperta przyrodnika (eksperta ornitologa, eksperta chiropterologa, etc.) jest m. in. prawidłowe określenie stanu zasiedlenia obiektu przez zwierzęta.